「Pseudomonas marginalis sensu lato」に由来する腐敗病菌の推奨菌株

植物病害の防除現場では、ごく最近まで、以下のような性質を示す菌株がPseudomonas marginalisと同定されてきた: 蛍光色素を産生し、オキシダーゼ、ジャガイモ塊茎腐敗、アルギニンジヒドロラーゼが陽性となるような腐敗病菌（= ここでは「P. marginalis sensu lato」と表記する）。一方、近年になり、細菌の分類に分子系統解析やゲノム解析の成果が導入されるのに伴い、P. marginalis sensu latoは変異に富んでいることが明らかとなり、多くの隠蔽種を含んだ種複合体である可能性が指摘されるようになってきた。

そこでジーンバンクでは、所蔵しているP. marginalis sensu latoを対象として分類検証を行い、「P. marginalis sensu strictoに該当する菌株（= P. marginalisの基準株と同じ種の範疇に入る菌株）」と、その範疇から外れる可能性のある菌株とに仕分ける作業を2017年に実施した。その上で、後者の分類上の所属について多相分類学的手法を用いて検討したところ、一部の菌株については、いずれの既知菌種とも異なることが明らかとなり、「新種 (P. aegrilactucae, P. allii, P. brassicae, P. cyclaminis, P. kitaguniensis, P. lactucae, P. morbosilactucae, P. petroselini)」として記載することができた。一方で、「P. marginalis sensu stricto以外の既知菌種（P. grimontii, P. salomoniiなど）」に該当することが判明した菌株も存在する。ここでは、上記の各菌種から代表的なものを推奨菌株として選定し、関連情報とともに公開する。

スペシャルセレクション

文献 Sawada, H., Fujikawa, T. and Satou, M. (2023). Dismantling and reorganizing Pseudomonas marginalis sensu lato. Plant Pathology 72: 654-666. [10.1111/ppa.13690]
文献澤田宏之 (2021). 「広義のPseudomonas marginalis」が抱える諸問題. 植物防疫 75(3): 135-143. [jppa.or.jp]
文献澤田宏之ら (2018). 農業生物資源ジーンバンクにおけるPseudomonas属細菌の再同定. 植物防疫 72(5): 305-314. [jppa.or.jp]

新種記載の根拠となった菌株
MAFF番号*1	学名	分離源	論文*2	遺伝子領域	ゲノム配列	配布
301350 ^T	Pseudomonas aegrilactucae	レタス	a	16S rpoD	JAHTBI000000000	申込
301512	Pseudomonas allii	タマネギ	b	16S rpoD	JABUHS000000000	申込
301514 ^T	Pseudomonas allii	タマネギ	b	16S rpoD	AP039447	申込
212427 ^T	Pseudomonas brassicae	ブロッコリー	c	16S gyrB rpoB rpoD	JAAHBU000000000	申込
212428	Pseudomonas brassicae	ブロッコリー	c	16S gyrB rpoB rpoD	JAAHBV000000000	申込
301449 ^T	Pseudomonas cyclaminis	シクラメン	d	16S rpoD	JADDUM00000000	申込
301451	Pseudomonas cyclaminis	シクラメン	d	16S rpoD	JADDUN00000000	申込
212408 ^T	Pseudomonas kitaguniensis	ネギ	e	16S gyrB rpoB rpoD	VUAZ00000000	申込
730085	Pseudomonas kitaguniensis	ネギ	e	16S gyrB rpoB rpoD	VUBA00000000	申込
301380 ^T	Pseudomonas lactucae	レタス	f	16S rpoD	JAFHKI000000000	申込
301381	Pseudomonas lactucae	レタス	f	16S rpoD	JAFHKJ000000000	申込
302030 ^T	Pseudomonas morbosilactucae	レタス	a	16S rpoD	JALQCW00000000	申込
302046	Pseudomonas morbosilactucae	レタス	a	16S rpoD	JALQCX00000000	申込
311094 ^T	Pseudomonas petroselini	パセリ	g	16S rpoD	JAJOZG000000000	申込
311095	Pseudomonas petroselini	パセリ	g	16S rpoD	JAJOZH000000000	申込
311096	Pseudomonas petroselini	パセリ	g	16S rpoD	JAJOZI000000000	申込
311097	Pseudomonas petroselini	パセリ	g	16S rpoD	JAJOZJ000000000	申込

*Pseudomonas marginalis* sensu stricto以外の既知菌種に該当することが判明した菌株
MAFF番号	学名	分離源	論文	遺伝子領域	配布
212084	Pseudomonas grimontii	カブ	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込
212085	Pseudomonas grimontii	カブ	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込
212397	Pseudomonas salomonii	ニンニク	i	16S gyrB rpoB rpoD	申込
212398	Pseudomonas salomonii	ニンニク	i	16S gyrB rpoB rpoD	申込

*Pseudomonas marginalis*の基準株と同じ種の範疇に入ることが判明した菌株
MAFF番号	学名	分離源	論文	遺伝子領域	配布
302028	Pseudomonas marginalis	レタス	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込
302034	Pseudomonas marginalis	レタス	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込
302055	Pseudomonas marginalis	ハナキンポウゲ	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込
302097	Pseudomonas marginalis	ダッチ・アイリス	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込
302098	Pseudomonas marginalis	ダッチ・アイリス	h	16S gyrB rpoB rpoD	申込

*1 T: 当該菌種の基準株であることを示しています。
*2 各菌株を推奨菌株として選んだ根拠となる論文は以下の通りです。
- a Sawada H. et al. (2022). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72(11): 005599. [10.1099/ijsem.0.005599]
- b Sawada H. et al. (2021). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 71(1): 004582. [10.1099/ijsem.0.004582]
- c Sawada H. et al. (2020). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70(10): 5319-5329. [10.1099/ijsem.0.004412]
- d Sawada H. et al. (2021). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 71(3): 004723. [10.1099/ijsem.0.004723]
- e Sawada H. et al. (2020). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70(5): 3018-3026. [10.1099/ijsem.0.004123]
- f Sawada H. et al. (2021). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 71(7): 004917. [10.1099/ijsem.0.004917]
- g Sawada H. et al. (2022). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 72(6): 005424. [10.1099/ijsem.0.005424]
- h Sawada H. et al. (2019). Journal of General Plant Pathology 85(6): 413-423. [10.1007/s10327-019-00869-3]
- i Sawada H. et al. (2020). Journal of General Plant Pathology 86(3): 180-192. [10.1007/s10327-020-00909-3]

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