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農業生物資源ジーンバンク事業は、農業・食品産業技術総合研究機構 (農研機構) 遺伝資源センターをセンターバンク、農研機構の他の研究部門や農林水産省傘下の研究所をサブバンクと位置づけ、連携して運営しています。

植物遺伝資源部門

センターバンク遺伝資源センター (茨城県つくば市)事業計画と推進調整・遺伝資源の導入・特性評価・保存・データ管理・配布・国際対応など
サブバンク北海道農業研究センター (北海道札幌市)稲類・豆類・いも類・野菜類・ソバ・牧草などの収集・保存・特性評価
東北農業研究センター (岩手県盛岡市)稲類・麦類・豆類・野菜類・ナタネなどの収集・保存・特性評価
中央農業研究センター (茨城県つくば市)稲類の特性評価
西日本農業研究センター (広島県福山市・香川県善通寺市・京都府綾部市・島根県大田市)稲類・麦類・豆類・花きなどの収集・保存・特性評価
九州沖縄農業研究センター (熊本県合志市)稲類・豆類・いも類・野菜類・ソバ・牧草・サトウキビなどの収集・保存・特性評価
果樹茶業研究部門 (茨城県つくば市)果樹類及びチャの収集・保存・特性評価
野菜花き研究部門 (茨城県つくば市)アブラナ科・ナス科・ウリ科などの野菜類及び花きの収集・保存・特性評価
畜産研究部門 (茨城県つくば市)牧草・飼料作物の収集・保存・特性評価
次世代作物開発研究センター (茨城県つくば市)稲類・麦類・いも類・豆類・雑穀特用作物などの収集・保存・特性評価
種苗管理センター (茨城県つくば市)果樹類・麦類・チャ・いも類・豆類・雑穀特用作物などの保存・特性評価
国際農林水産業研究センター (茨城県つくば市・沖縄県石垣市)豆類・サトウキビ・パイナップルなどの収集・保存・特性評価
家畜改良センター (福島県西白河郡)牧草・飼料作物の保存・特性調査

微生物遺伝資源部門

センターバンク遺伝資源センター (茨城県つくば市)事業計画と推進調整・微生物遺伝資源の収集・受入・特性評価・長期保存・品質管理・データ管理・配布 (およびサブバンク機能) など
サブバンク北海道農業研究センター (北海道札幌市)北海道地域の植物病原微生物・VA菌根菌の収集・保存・特性調査・配布
中央農業研究センター (茨城県つくば市)植物病原菌・線虫などの収集・保存・特性評価・配布
西日本農業研究センター (広島県福山市・京都府綾部市)近畿中国四国地域の植物病原微生物の収集・保存・特性調査・配布
果樹茶業研究部門 (茨城県つくば市)果樹および茶病原菌・植物ウイルス・ウイロイドの収集・保存・特性評価
野菜花き研究部門 (茨城県つくば市)野菜および園芸植物病原菌の収集・保存・特性評価
畜産研究部門 (茨城県つくば市)畜産食品関係微生物・カビ毒産生菌の収集・保存・特性評価
動物衛生研究部門 (茨城県つくば市)動物病原微生物の収集・保存・特性調査・配布
食品研究部門 (茨城県つくば市)食品微生物・カビ毒産生菌の収集・保存・特性評価
生物機能利用研究部門 (茨城県つくば市)植物および昆虫関連微生物の収集・保存・特性評価
農業環境変動研究センター (茨城県つくば市)(植物病原微生物を含む) 環境微生物の収集・保存・特性評価
国際農林水産業研究センター (茨城県つくば市)(植物病原微生物を含む) 熱帯産微生物などの収集・保存・特性評価

動物遺伝資源部門

センターバンク遺伝資源センター (茨城県つくば市・山梨県北杜市)事業計画と推進調整、家畜家禽の生殖質の収集・保存(凍結)、カイコの収集・生体保存・特性評価、データ管理・配布など
サブバンク畜産研究部門 (茨城県つくば市)家畜家禽の収集・保存(生体・凍結)・特性評価、ミツバチ類の収集・保存・特性評価
生物機能利用研究部門 (茨城県つくば市)昆虫培養細胞の収集・保存(凍結)・特性評価、カイコの生体保存
農業環境変動研究センター (茨城県つくば市)天敵昆虫・検定用昆虫の収集・生体保存・特性評価
家畜改良センター (福島県西白河郡)家畜家禽の収集・保存(生体・凍結)・特性評価

DNA部門

センターバンク・サブバンク次世代作物開発研究センター (茨城県つくば市)
サブバンク生物機能利用研究部門 (茨城県つくば市)