トップ > データベース検索 > 推奨菌株

NIASジーンバンクでは、DNA塩基配列情報による再分類と培養下での性状点検等に基づき、主要コレクションについて推奨菌株の選定を進めています。

Fusarium属推奨菌株

近年、Fusarium属菌等ではDNA塩基配列の比較解析に基づく分子系統学的研究が進み、本属菌の多くの種が複数種を内在する種複合体であることが明らかにされてきた。また、種の分割・再定義も次々に進められる状況にある。農業生物資源ジーンバンクでは、日本産のFusarium属菌種についてその典型的菌株のセットを最新の分類学的基礎に基づいて構築することを目的に、所蔵菌株の培養下での性状検査と合わせて、Histone H3遺伝子領域、ミトコンドリア小サブユニット・リボソームDNA(mtSSU rDNA)、リボソームDNA ITS領域(rDNA-ITS;18S rDNA部分塩基配列、rDNA-ITS1領域、5.8S rDNA、rDNA-ITS2領域、および28S rDNA部分塩基配列を含む)等についてDNA塩基配列の決定と解析を進めてきた。これらの情報を点検・総合し、各菌種を代表する良好な菌株をFusarium属菌の第一次「配布のための推奨菌株」として選定した。

Fusarium属推奨菌株
MAFF番号学名遺伝子領域配布
240360Fusarium acuminatumH3 ITS-L MtSSU申込
240370Fusarium acuminatumH3 ITS-L MtSSU申込
240366Fusarium asiaticumH3 ITS-L MtSSU申込
240367Fusarium asiaticumH3 ITS-L MtSSU申込
240368Fusarium asiaticumH3 ITS-L MtSSU申込
240375Fusarium asiaticumH3 ITS-L MtSSU申込
240354Fusarium avenaceumH3 ITS-L MtSSU申込
240363Fusarium avenaceumH3 ITS-L MtSSU申込
240371Fusarium avenaceumH3 ITS-L MtSSU申込
240376Fusarium avenaceumH3 ITS-L MtSSU申込
101144Fusarium cerealisH3 ITS-L MtSSU申込
236397Fusarium circinatumH3 ITS-L MtSSU申込
237714Fusarium coccophilumH3 ITS-L MtSSU申込
237881Fusarium coccophilumH3 ITS-L MtSSU申込
235976Fusarium coeruleumH3 ITS-L MtSSU申込
235977Fusarium coeruleumH3 ITS-L MtSSU申込
237650Fusarium concentricumH3 ITS-L MtSSU申込
236454Fusarium culmorumH3 ITS-L MtSSU申込
305607Fusarium cuneirostrumH3 ITS-L MtSSU申込
238422Fusarium decemcellulareH3 ITS-L MtSSU申込
238423Fusarium decemcellulareH3 ITS-L MtSSU申込
238424Fusarium decemcellulareH3 ITS-L MtSSU申込
240179Fusarium foetensH3 ITS-L MtSSU申込
240180Fusarium foetensH3 ITS-L MtSSU申込
237530Fusarium fractiflexumH3 ITS-L MtSSU申込
238531Fusarium fujikuroiH3 ITS-L MtSSU申込
237511Fusarium globosumH3 ITS-L MtSSU申込
240353Fusarium graminearumH3 ITS-L MtSSU申込
240365Fusarium graminearumH3 ITS-L MtSSU申込
236532Fusarium incarnatumH3 ITS-L MtSSU申込
240355Fusarium incarnatumH3 ITS-L MtSSU申込
240364Fusarium incarnatumH3 ITS-L MtSSU申込
240372Fusarium kyushuenseH3 ITS-L MtSSU申込
840045Fusarium lateritium f. moriH3 ITS-L MtSSU申込
238439Fusarium matuoiH3 ITS-L MtSSU申込
410883Fusarium matuoiH3 ITS-L MtSSU申込
236504Fusarium merismoidesH3 ITS-L MtSSU申込
237507Fusarium nisikadoiH3 ITS-L MtSSU申込
239069Fusarium nygamaiH3 ITS-L MtSSU申込
410171Fusarium oxysporumH3 ITS-L MtSSU申込
410172Fusarium oxysporumH3 ITS-L MtSSU申込
237465Fusarium penzigiiH3 ITS-L MtSSU申込
240357Fusarium poaeH3 ITS-L MtSSU申込
240374Fusarium poaeH3 ITS-L MtSSU申込
410715Fusarium proliferatumH3 ITS-L MtSSU申込
410716Fusarium proliferatumH3 ITS-L MtSSU申込
306334Fusarium redolensH3 ITS-L MtSSU申込
306335Fusarium redolensH3 ITS-L MtSSU申込
306336Fusarium redolensH3 ITS-L MtSSU申込
306337Fusarium redolensH3 ITS-L MtSSU申込
239074Fusarium sacchariH3 ITS-L MtSSU申込
238542Fusarium solani f. robiniaeH3 ITS-L MtSSU申込
238541Fusarium solani f. xanthoxyliH3 ITS-L MtSSU申込
238538Fusarium solani f. sp. moriH3 ITS-L MtSSU申込
840046Fusarium solani f. sp. moriH3 ITS-L MtSSU申込
840047Fusarium solani f. sp. pisiH3 ITS-L MtSSU申込
240356Fusarium sporotrichioidesH3 ITS-L MtSSU申込
240373Fusarium sporotrichioidesH3 ITS-L MtSSU申込
241719Fusarium thapsinum18S D1/D2 H3 ITS-L MtSSU申込
241721Fusarium thapsinumH3 ITS-L MtSSU申込
241722Fusarium thapsinumH3 ITS-L MtSSU申込
240358Fusarium tricinctumH3 ITS-L MtSSU申込
240087Fusarium verticillioidesH3 ITS-L MtSSU申込
240093Fusarium verticillioidesH3 ITS-L MtSSU申込
240095Fusarium verticillioidesH3 ITS-L MtSSU申込
241221Fusarium vorosiiH3 ITS-L MtSSU申込
241222Fusarium vorosiiH3 ITS-L MtSSU申込
238974Haematonectria ipomoeaeH3 ITS-L MtSSU申込
240020Haematonectria ipomoeaeH3 ITS-L MtSSU申込
  • *1 小文字部分は増幅時に使用したプライマー配列を表します。
  • *2 ITS-Lには、18SrDNA(部分), ITS1, 5.8srDNA, ITS2, 28SrDNA(部分) の塩基配列を含みます。

Colletotrichum属推奨菌株

今世紀に入りColletotrichum属菌の分類に分子系統解析が取り入れられ、特に近年DNA塩基配列に基づく再分類の論文が立て続けに発表されている。分子系統解析の結果、わずかな形態に基づいて定義されてきた単一種が実は複数種の集合体 (種複合体 = species complex) であることが明らかになり、その構成種が次々に分割されつつある。そこで、ジーンバンク所蔵菌株を各菌群の再分類で用いられているDNAバーコード領域・遺伝子塩基配列 (リボソームDNA ITS領域、β-tubulin-2、Histone H3など) に基づき再同定し、培養性状・微小形態と合わせて各菌種に典型的な優良菌株を選定した。現在も盛んにColletotrichum属菌の再分類が進められているため、その最新情報を取り入れながら順次選定種を増やしていく予定である。

文献:
佐藤豊三・森脇丈治 (2013) 広義Colletotrichum acutatumの種分割と炭疽病の病原再同定. 植物防疫 67(2): 113-120.
佐藤豊三・森脇丈治 (2013) Colletotrichum acutatum系統群A2およびA4の再分類と同系統群の国内産菌株の再同定. 植物防疫 67(7): 367-372.
Colletotrichum属推奨菌株
MAFF番号学名*1遺伝子領域*2配布
744062Colletotrichum acutatum sensu latoActin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
305972Colletotrichum boninenseActin CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
306162Colletotrichum boninenseActin CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239355Colletotrichum carthami (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239359Colletotrichum carthami (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
238574Colletotrichum caudatumHMG ITS SOD2申込
238575Colletotrichum caudatumHMG ITS SOD2申込
305700Colletotrichum caudatumHMG ITS SOD2申込
305429Colletotrichum cereale (CMSC)HMG ITS SOD2申込
510634Colletotrichum cereale (CMSC)HMG ITS SOD2申込
305748Colletotrichum chlorophyti (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239356Colletotrichum chrysanthemi (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239362Colletotrichum chrysanthemi (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239368Colletotrichum chrysanthemi (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239370Colletotrichum chrysanthemi (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239373Colletotrichum chrysanthemi (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
237304Colletotrichum circinans (CDSC)Actin CHS-1 GPDH ITS β-tubulin申込
238028Colletotrichum circinans (CDSC)Actin CHS-1 GPDH ITS申込
306100Colletotrichum cymbidiicola (CBSC)Actin CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
511471Colletotrichum echinochloae (CMSC)HMG ITS SOD2申込
511472Colletotrichum echinochloae (CMSC)HMG ITS SOD2申込
511473Colletotrichum echinochloae (CMSC)HMG ITS SOD2申込
511155Colletotrichum eleusines (CMSC)HMG ITS SOD2申込
305077Colletotrichum falcatum (CMSC)HMG ITS SOD2申込
238654Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
241801Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
242591Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
306247Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
306283Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
306504Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
306520Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
306527Colletotrichum fioriniae (CASC)ITS β-tubulin申込
240289Colletotrichum godetiae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
241297Colletotrichum godetiae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
306506Colletotrichum godetiae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
511343Colletotrichum graminicolaHMG ITS SOD2申込
305404Colletotrichum hanaui (CMSC)HMG ITS SOD2申込
511014Colletotrichum hanaui (CMSC)HMG ITS SOD2申込
243424Colletotrichum horii (CGSC)Actin CAL CHS-1 GPDH ITS SOD2 β-tubulin申込
306429Colletotrichum horii (CGSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH ITS SOD2 β-tubulin申込
243051Colletotrichum hsienjenchangActin CHS-1 H3 ITS申込
237232Colletotrichum karstii (CBSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
305973Colletotrichum karstii (CBSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
305998Colletotrichum karstii (CBSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
306204Colletotrichum karstii (CBSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
840070Colletotrichum karstii (CBSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
240431Colletotrichum lineola (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
712313Colletotrichum lineola (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
238703Colletotrichum liriopes (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
242679Colletotrichum liriopes (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
241800Colletotrichum metakeActin CAL CHS-1 GPDH ITS SOD2 β-tubulin申込
510857Colletotrichum miscanthi (CMSC)HMG ITS SOD2申込
239086Colletotrichum musae (CGSC)Actin EF1-α GPDH ITS β-tubulin申込
305595Colletotrichum musae (CGSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH GS ITS SOD2 β-tubulin申込
305391Colletotrichum nicholsonii (CMSC)HMG SOD2申込
511115Colletotrichum nicholsonii (CMSC)HMG SOD2申込
241294Colletotrichum nymphaeae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
242590Colletotrichum nymphaeae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
306505Colletotrichum nymphaeae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
306523Colletotrichum nymphaeae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
712311Colletotrichum nymphaeae (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
305403Colletotrichum paspali (CMSC)HMG ITS SOD2申込
511000Colletotrichum paspali (CMSC)HMG ITS SOD2申込
238656Colletotrichum phyllanthi (CBSC)Actin CAL CHS-1 EF1-α GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239721Colletotrichum sansevieriaeActin CAL CHS-1 EF1-α GPDH GS ITS SOD2 β-tubulin申込
242692Colletotrichum scovillei (CASC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239736Colletotrichum sloanei (CGSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
238702Colletotrichum spaethianum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239500Colletotrichum spaethianum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
305360Colletotrichum sublineola (CMSC)HMG ITS SOD2申込
511474Colletotrichum sublineola (CMSC)HMG ITS SOD2申込
238783Colletotrichum taiwanenseActin CAL CHS-1 EF1-α GPDH GS ITS SOD2 β-tubulin申込
712333Colletotrichum tofieldiae (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
712334Colletotrichum tofieldiae (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
237991Colletotrichum trichellum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
410046Colletotrichum trichellum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
239896Colletotrichum truncatum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
305754Colletotrichum truncatum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
306552Colletotrichum truncatum (CDSC)Actin CHS-1 GPDH H3 ITS β-tubulin申込
  • *1 所属種複合体 (species complex):
    • (CASC): C. acutatum, (CBSC): C. boninense, (CDSC): C. dematium, (CGSC): C. gloeosporioides, (CMSC): C. graminicola
  • *2 プライマーは以下の通りです。
    • Actin: ATGTGCAAGGCCGGTTTCGC / TACGAGTCCTTCTGGCCCAT
    • CAL: GAATTCAAGGAGGCCTTCTC / CTTCTGCATCATGAGCTGGAC
    • CHS-1: TGGGGCAAGGATGCTTGGAAGAAG / TGGAAGAACCATCTGTGAGAGTTG
    • GPDH: GCCGTCAACGACCCCTTCATTGA / GGGTGGAGTCGTACTTGAGCATGT
    • GS: GCCGGT GGAGGAACCGTCG / GAACCGTCGAAGTTCCAC
    • H3: AGGTCCACTGGTGGCAAG / AGCTGGATGTCCTTGGACTG
    • HMG: ATTCTCTACCGCAAGGATC / CAGTTTGT'TATGGCGCTC
    • ITS: GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG / TCCTCCGCTTATTGATATGC
    • SOD2: GCCCACAGTACATATTGCCTAAGC / TCATCCCGGGAGCCAGAAAACCT
    • β-tubulin: AACATGCGTGAGATTGTAAGT / ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC

植物病原性Rhizobium属 (=旧Agrobacterium属) 推奨菌株

根頭がんしゅ病菌や毛根病菌が含まれているAgrobacterium属では、病原性に基づいて人為的に属と種が定義されてきた。また、その種内には、変種レベルの分類階級である複数のbiovar(生理型)が設けられてきた。しかし、近年になって導入された多相分類学的研究の成果に基づき、Agrobacterium属とRhizobium属とを1つに統合して「Rhizobium属」とすることと、各biovarを種レベルの分類群へと格上げすることが提案された。このような植物病原性Rhizobium属細菌(=旧Agrobacterium属細菌)をめぐる分類体系の変更に対応するために、16S rDNA、atpDglnArecAに基づいた分子系統解析、接種試験、PCR検定などを実施し、その結果に基づいてジーンバンク所蔵菌株の再同定を行った。そして、菌種/病原性タイプ/genomovarごとに可能な限り典型的と思われる菌株を選び出し、「推奨菌株 (分類・同定試験用の対照菌株)」としてまとめた。さらに、分離源植物ごとに、代表的な病原性菌株(TiあるいはRiプラスミド保有菌)を「推奨菌株 (接種試験用の対照菌株)」として選定した。

文献:
澤田宏之 (2006) いわゆる「アグロバクテリウム」について─ (1) プロフィールの紹介─. 日本微生物資源学会誌 22(2): 117-121.
澤田宏之 (2007) いわゆる「アグロバクテリウム」について─ (2) 分類の現状─. 日本微生物資源学会誌 23(1): 29-34.
澤田宏之・富岡啓介・永井利郎・青木孝之・遠藤眞智子・廣岡裕吏・佐藤豊三 (2007) いわゆる「アグロバクテリウム」について─ (3) 今後の分類を考えるための視点─. 日本微生物資源学会誌 23(2): 95-99.
植物病原性Rhizobium属推奨菌株 (分類・同定試験用の対照菌株)
MAFF番号学名 (病原性タイプ)genomovar遺伝子領域配布
301276Rhizobium radiobacter (Ti)G116S atpD glnA recA申込
301224Rhizobium radiobacter (Ti)G116S atpD glnA recA申込
301001Rhizobium radiobacter (Ti)G416S atpD glnA recA申込
211863Rhizobium radiobacter (Ti)G416S atpD glnA recA申込
302378Rhizobium radiobacter (Ti)G816S atpD glnA recA申込
212033Rhizobium radiobacter (Ri)G716S atpD glnA recA申込
301724Rhizobium radiobacter (Ri)G716S atpD glnA recA申込
212029Rhizobium radiobacter (Ri)G916S atpD glnA recA申込
210265Rhizobium radiobacter (Ri)G916S atpD glnA recA申込
311303Rhizobium radiobacter (nonpathogenic)G116S atpD glnA recA申込
520014Rhizobium radiobacter (nonpathogenic)G916S atpD glnA recA申込
211729Rhizobium rhizogenes (Ti)16S atpD glnA recA申込
211728Rhizobium rhizogenes (Ti)16S atpD glnA recA申込
663001Rhizobium vitis (Ti)16S atpD glnA recA申込
663007Rhizobium vitis (Ti)16S atpD glnA recA申込
211942Rhizobium vitis (Ti)16S glnA recA申込
211908Rhizobium vitis (Ti)16S atpD glnA recA申込
  • *1 分類学的な所属が確定できた所蔵菌株の中から、各分類群(菌種/病原性タイプ/genomovar)ごとに代表的な菌株を選び、関連情報とともに示しました。
  • *2 genomovarとはR. radiobacter内の変種レベルの分類階級です。
植物病原性Rhizobium属推奨菌株 (接種試験用の対照菌株)
MAFF番号学名 (病原性タイプ)分離源植物遺伝子領域配布
302338Rhizobium radiobacter (Ti)エゾギク16S atpD glnA recA申込
211863Rhizobium radiobacter (Ti)おうとう16S atpD glnA recA申込
211731Rhizobium rhizogenes (Ti)おうとう16S atpD glnA recA申込
211735Rhizobium rhizogenes (Ti)おうとう16S atpD glnA recA申込
211950Rhizobium vitis (Ti)キウイフルーツ16S atpD glnA recA申込
211951Rhizobium vitis (Ti)キウイフルーツ16S atpD glnA recA申込
301276Rhizobium radiobacter (Ti)キク16S atpD glnA recA申込
302378Rhizobium radiobacter (Ti)キク16S atpD glnA recA申込
302558Rhizobium radiobacter (Ti)コスモス16S atpD glnA recA申込
301001Rhizobium radiobacter (Ti)サクラ類16S atpD glnA recA申込
211736Rhizobium rhizogenes (Ti)サクラ類16S atpD glnA recA申込
302556Rhizobium radiobacter (Ti)シオン属16S atpD glnA recA申込
302563Rhizobium rhizogenes (Ti)シュッコンカスミソウ16S atpD glnA recA申込
211872Rhizobium radiobacter (Ti)ソリダゴ16S atpD glnA recA申込
211729Rhizobium rhizogenes (Ti)にほんすもも16S atpD glnA recA申込
211730Rhizobium rhizogenes (Ti)にほんすもも16S atpD glnA recA申込
211728Rhizobium rhizogenes (Ti)にほんなし,シーリー16S atpD glnA recA申込
663002Rhizobium rhizogenes (Ti)にほんなし,シーリー16S atpD glnA recA申込
301224Rhizobium radiobacter (Ti)ばら(園芸品種)16S atpD glnA recA申込
663018Rhizobium rhizogenes (Ti)ばら(園芸品種)16S atpD glnA recA申込
211706Rhizobium rhizogenes (Ti)ばら(園芸品種)16S atpD glnA recA申込
663001Rhizobium vitis (Ti)ブドウ属16S atpD glnA recA申込
663007Rhizobium vitis (Ti)ブドウ属16S atpD glnA recA申込
301222Rhizobium radiobacter (Ti)マーガレット(モクシュンギク)16S atpD glnA recA申込
663003Rhizobium rhizogenes (Ti)もも16S atpD glnA recA申込
211710Rhizobium rhizogenes (Ti)もも16S atpD glnA recA申込
211866Rhizobium radiobacter (Ti)りんご16S atpD glnA recA申込
211865Rhizobium rhizogenes (Ti)りんご16S atpD glnA recA申込
212029Rhizobium radiobacter (Ri)トマト16S atpD glnA recA申込
212033Rhizobium radiobacter (Ri)トマト16S atpD glnA recA申込
301724Rhizobium radiobacter (Ri)メロン16S atpD glnA recA申込
210265Rhizobium radiobacter (Ri)メロン16S atpD glnA recA申込
  • *1 TiあるいはRiプラスミドを保持しており、病原性を有していることが確認できた所蔵菌株の中から、分離源植物ごとに代表的な菌株を選び、関連情報とともに示しました。
  • *2 1つの分離源植物からR. radiobacter (Ti)とR. rhizogenes (Ti)の両方が分離されている場合は、そのいずれからも推奨菌株が選んであります。